La Cour de justice est une autorité indépendante qui contrôle la légalité des actes communautaires et veille à l'application du droit de l'Union. Elle peut annuler les actes de la Commission ou du Conseil lorsqu'ils sont incompatibles avec les traités. Elle règle les litiges entre États membres, entre l'Union et les États membres, entre les institutions elles-mêmes, ou entre des particuliers et l'Union.
Sous le traité de Maastricht (1993-2009), la structure en trois piliers limitait fortement sa compétence : elle n'intervenait pleinement que dans le premier pilier (les Communautés), tandis que la politique étrangère et de sécurité commune (deuxième pilier) et la coopération policière et judiciaire (troisième pilier) échappaient largement à son contrôle, ces deux domaines relevant d'une logique strictement intergouvernementale. Le traité de Lisbonne (entré en vigueur le 1er décembre 2009) a supprimé cette structure en piliers et a étendu la compétence de la Cour à l'ancien troisième pilier, désormais intégré au droit de l'Union -- ce n'est donc plus vrai aujourd'hui pour les affaires de justice et de police, qui relèvent en grande partie de son contrôle. La politique étrangère et de sécurité commune, en revanche, demeure très largement exclue de sa compétence, restant un domaine de décision principalement intergouvernemental (voir la page Le Conseil de l'Union européenne).
Pour désengorger la Cour, l'Acte unique (1986) a posé les bases juridiques d'une juridiction de première instance. C'est une décision du Conseil du 24 octobre 1988 qui a effectivement créé ce Tribunal de première instance, entré en fonction le 1er janvier 1989, initialement compétent surtout pour les recours des personnes physiques et morales (fonctionnaires européens, contentieux de la concurrence). Ses juges sont, comme ceux de la Cour, nommés d'un commun accord par les gouvernements des États membres. Le traité de Lisbonne l'a rebaptisé « Tribunal de l'Union européenne » et l'a intégré, avec la Cour de justice, au sein d'une même institution : la Cour de justice de l'Union européenne (CJUE).
D'une manière générale, le droit de l'Union prévaut sur le droit national -- un principe de primauté affirmé par la Cour dès 1964 (arrêt Costa contre ENEL) et dont la portée pratique s'est accrue depuis l'Acte unique. La Cour de justice est un organe juridictionnel autonome qui, en se référant à l'esprit des traités plutôt qu'à leur seule lettre, a eu tendance à étendre le champ d'action communautaire dans un sens supranational et centralisateur -- une orientation particulièrement nette depuis l'Acte unique, avec des arrêts comme « Cassis de Dijon » (1979) qui ont ouvert la voie au principe du pays d'origine (voir la page Les trois projets de constitution européenne). Le droit de l'Union constitue ainsi un ordre juridique propre, qui s'impose au droit des États membres.