Depuis 1979, le Parlement européen est la seule assemblée internationale élue au suffrage universel direct. Jusque-là, c'était une assemblée consultative peu représentative, composée de délégués désignés par les Parlements nationaux. Avec l'Acte unique (1986), il cesse d'être une simple assemblée consultative -- comme l'est encore aujourd'hui le Comité économique et social -- sans devenir pour autant une assemblée législative à part entière ; il acquiert surtout, à cette époque, un pouvoir budgétaire renforcé. Les sessions plénières mensuelles se tiennent à Strasbourg, les travaux de commission et les sessions additionnelles à Bruxelles, et les services du secrétariat général sont à Luxembourg -- une dispersion géographique souvent critiquée pour son coût et son inefficacité.
Le Parlement européen reste, dans une large mesure, une juxtaposition de groupes parlementaires nationaux réunis par affinité politique plutôt qu'une assemblée reflétant une opinion publique européenne homogène : les députés ne sont pas issus de partis supranationaux (il n'existe pas de listes européennes), et les procédures électorales -- notamment la présence ou non d'un seuil -- varient selon les pays. Depuis 1999, les élections sont marquées par une abstention élevée, tandis que l'on observe une montée des partis eurosceptiques dans plusieurs États membres.
Le Parlement est un allié naturel de la Commission, dont la majorité a longtemps été de type social-libéral, acquise pour l'essentiel aux orientations économiques portées par la Commission. De 1979 à 2019, la coalition formée par le PPE (centre-droit) et le S&D (socialistes) a toujours été majoritaire ; en 2008, ces deux groupes ont voté dans le même sens sur 97 % des textes examinés par le Parlement. Pour la législature 2019-2024, la coalition PPE, S&D et Renew comptait 422 députés sur 705. Contrairement à des pays européens marqués par une alternance politique régulière, il n'y a pas eu, selon cette lecture, de réelle alternance politique au sein du Parlement européen entre 1979 et 2024.
Depuis l'Acte unique (1986), le Parlement dispose d'un droit d'avis conforme : le Conseil doit obtenir son accord pour certaines décisions majeures, en particulier les traités d'adhésion de nouveaux membres et les accords d'association avec des pays tiers -- sans toutefois pouvoir les amender, seulement les accepter ou les rejeter en bloc. Le traité de Maastricht (1993) lui donne par ailleurs le pouvoir de nommer un Médiateur européen, saisissable par tout citoyen se plaignant du mauvais fonctionnement d'une institution.
Sur le plan législatif, la situation a longtemps été très défavorable au Parlement, qui ne disposait, dans de nombreux domaines (union économique et monétaire, politique étrangère, coopération judiciaire), que d'un simple droit à l'information ou de consultation, le Conseil restant le véritable législateur. Le traité de Maastricht avait introduit une procédure de codécision donnant au Parlement un droit de veto en cas d'échec de la conciliation avec le Conseil, mais son champ d'application restait limité à un nombre restreint de domaines (marché unique, environnement, politique sociale). C'est le traité de Lisbonne (2009) qui change véritablement la donne : il rebaptise la codécision « procédure législative ordinaire », la généralise comme procédure par défaut, et l'étend à une quarantaine de nouveaux domaines -- dont l'agriculture, la politique commerciale, la justice, l'asile et l'immigration, restés jusque-là hors de portée du Parlement. Cette procédure couvre aujourd'hui environ 80 % des actes législatifs de l'Union, le Parlement et le Conseil légiférant alors sur un pied d'égalité. Le traité de Lisbonne a par ailleurs supprimé la procédure de coopération, qui laissait auparavant le dernier mot au Conseil.
Ce progrès reste toutefois circonscrit : le Parlement ne dispose toujours d'aucun droit d'initiative législative (monopole de la Commission), et plusieurs domaines clés continuent d'échapper à son pouvoir de colégislation -- la fiscalité, la politique étrangère et de sécurité commune, et pour l'essentiel la politique monétaire, où la Banque centrale européenne demeure indépendante de tout contrôle politique. La situation reste également défavorable en matière de politique commerciale : le 12 mars 2003, la majorité social-libérale du Parlement a par exemple adopté une résolution soutenant l'Accord général sur le commerce et les services dans le cadre de l'OMC, alors même que les députés n'avaient pas tous un accès sans restriction aux documents de négociation.
Le lobbying s'exerce également auprès du Parlement européen, où plusieurs milliers de personnes font pression sur les eurodéputés. Alors que déléguer le pouvoir des États à l'Europe suppose une exemplarité des institutions, selon une enquête du Monde publiée en janvier 2024, au moins un quart des eurodéputés ont été impliqués, à un moment ou un autre, dans des affaires ou des scandales.
Malgré l'élargissement récent de ses pouvoirs législatifs, le Parlement européen n'a donc toujours pas la légitimité, la visibilité ni l'autorité d'un parlement national : il reste éloigné des citoyens, structurellement lié à la Commission par affinité idéologique, et cantonné en dehors du pouvoir dans les domaines les plus stratégiques (monnaie, fiscalité, politique étrangère) -- ce qui continue d'alimenter le déficit démocratique de l'Union.