En 1965, le traité de fusion (signé à Bruxelles) a établi une Commission unique -- et un Conseil unique -- pour les Communautés européennes. La Commission est un organe supranational qui représente l'intérêt communautaire. Les commissaires sont nommés d'un commun accord par les gouvernements des États membres pour cinq ans ; ils ne peuvent recevoir aucune instruction des gouvernements. Le collège compte aujourd'hui 27 commissaires, un par État membre, dirigé par la présidente ou le président de la Commission. Pour la présidence, le Conseil européen propose un candidat qui doit ensuite être approuvé par le Parlement européen.
La Commission fonctionne de façon collégiale : toute proposition d'un commissaire doit recueillir l'accord du collège avant d'être transmise au Conseil et au Parlement. L'administration est organisée en directions générales (DG), équivalent des ministères nationaux ; leur nombre a considérablement augmenté avec les élargissements et la complexification des politiques européennes : d'une vingtaine dans les années 1990, il est passé à environ 41 aujourd'hui (secrétariat général inclus), pour un effectif total d'environ 32 000 personnes.
La Commission est gardienne des traités : elle veille à l'application des décisions et dispose d'un pouvoir de sanction envers un État membre ; elle peut saisir la Cour de justice en cas de non-respect du droit communautaire. Elle prépare le budget (arrêté par le Parlement) et le gère, représente l'Union dans les organisations internationales, et surtout détient le monopole de l'initiative des décisions communautaires : sauf exception, le Conseil ne peut se prononcer que sur une proposition de la Commission. Elle est également un organe d'exécution, chargé d'établir les textes d'application des décisions du Conseil.
Mis à part le domaine de la concurrence, où la Commission fait office d'exécutif à part entière (un pouvoir considérable acquis entre l'Acte unique et le traité de Maastricht), c'est le Conseil -- organe intergouvernemental -- qui décide en dernier ressort, venant s'immiscer dans le dialogue entre les deux institutions supranationales que sont la Commission et le Parlement.
La Commission dispose d'une compétence exclusive pour la négociation des traités de libre-échange (les accords doivent être approuvés par le Parlement européen et adoptés par le Conseil). Les conséquences concrètes de ces deux pouvoirs -- concurrence et libre-échange -- sur la compétitivité industrielle européenne face à la Chine et aux États-Unis sont développées dans la page dédiée à la concurrence.
Conformément à l'esprit des traités, la Commission mène depuis l'Acte unique une politique de libéralisation généralisée, avec une priorité donnée au principe de concurrence -- d'où son opposition récurrente à la constitution de pôles industriels européens, et sa promotion de l'ouverture des services publics à la concurrence. Elle a négocié dans le plus grand secret, avec la participation active des multinationales, l'accord multilatéral sur l'investissement (AMI), dont l'objectif était de légitimer juridiquement la suprématie des multinationales sur les États ; ces négociations ont été abandonnées en 1998 sous la pression d'un mouvement citoyen international. Elle poursuit depuis une politique similaire de libéralisation des services et d'ouverture à la concurrence de secteurs comme l'éducation, la santé ou la culture.
La Commission mène une partie de son action au moyen d'un mécanisme peu visible pour le grand public : le comité 133 (article 113 du traité de Rome, devenu 133 avec le traité d'Amsterdam, rebaptisé Comité de politique commerciale depuis Lisbonne), composé de représentants des États membres et de la Commission, où se prépare l'essentiel des positions commerciales de l'Union. Les documents préparatoires de ce comité ne sont pas publics. En parallèle, les représentants des multinationales (comme BusinessEurope, anciennement UNICE) exercent une influence par un lobbying intense auprès de la Commission et des négociateurs, sans toutefois y siéger.
Cette opacité ne se limite pas au domaine commercial. Lors de la crise de la Covid-19, la Commission a par exemple restreint l'accès des parlementaires européens à certains documents concernant les contrats avec les laboratoires pharmaceutiques -- un autre exemple, dans un tout autre domaine, du même manque de transparence.
Le lobbying auprès de la Commission (et du Parlement) s'est fortement intensifié depuis l'Acte unique. Bruxelles est aujourd'hui considérée comme l'une des deux plus grandes places mondiales du lobbying institutionnel avec Washington, avec plusieurs milliers d'organisations inscrites au registre de transparence de l'Union -- sans que ce lobbying soit soumis à des obligations réglementaires comparables à celles en vigueur aux États-Unis. L'alliance entre la Commission et les représentants des multinationales remonte au début des années 1980 ; elle a joué un rôle direct dans l'élaboration de l'Acte unique (1986), via notamment la Table ronde des industriels européens (ERT).
Un exemple concret de ce mode de décision : sous la pression des grands groupes agroalimentaires, la Commission a mis fin en mai 2004 à un moratoire, en vigueur depuis 1999, sur les importations d'organismes génétiquement modifiés, en autorisant la mise sur le marché de maïs doux transgénique Bt-11 -- alors même que l'Union avait ratifié en 2002 le protocole de Carthagène sur la biosécurité, fondé sur le principe de précaution.
Déléguer le pouvoir des États à l'Europe suppose une exemplarité des institutions européennes -- un objectif loin d'être atteint. En 1999, la Commission Santer a démissionné collectivement suite à des accusations de corruption et de malversation financière. Plus tard, l'affaire Barroso a mis en lumière le passage de plusieurs anciens responsables européens (dont Peter Sutherland et Mario Monti) vers de grandes banques d'affaires. Jean-Claude Juncker, président de la Commission de 2014 à 2019, est resté célèbre pour avoir affirmé qu'« il ne peut pas y avoir de choix démocratique contre les traités européens ».
Ursula von der Leyen, élue de justesse en 2019 (383 voix sur 747, pour un seuil requis de 374), a été critiquée pour sa gestion administrative, a fait l'objet d'une action en justice du New York Times (2023) et d'une enquête du Parquet européen concernant les échanges de SMS avec le PDG de Pfizer lors de la négociation des contrats de vaccins Covid, ainsi que de soupçons de favoritisme (2024). L'influence croissante des cabinets de conseil privés auprès de la Commission ajoute à ces conflits d'intérêts récurrents.
Au-delà des critiques que l'on peut adresser à la Commission -- dont le mode de fonctionnement contribue au déficit démocratique de l'Europe -- il ne faut pas perdre de vue qu'elle agit dans l'esprit des traités négociés et signés par les chefs d'État et de gouvernement des États membres eux-mêmes. De la même façon, lorsque des gouvernements nationaux n'osent pas assumer une politique impopulaire, ils en confient la responsabilité à la Commission : celle-ci propose, le Conseil décide en dernier ressort, et la politique devient applicable aux États membres -- qui peuvent alors se dire « contraints » par Bruxelles, évitant ainsi un débat national sur leurs propres choix.